Klasztor na planie czworoboku, piętrowy i podpiwniczony, na planie czworoboku. Skrzydła północne i zachodnie dziesięcioosoiowe, natomiast południowe i wschodnie siedmioosiowe. Dachy dwuspadowe kryte dachówką. Krużganki sklepione kolebkowo - krzyżowo, wzdłuż których na parterze pomieszczenia ze sklepieniami kolebkowymi z lunetami w części północnej i zachodniej oraz krzyżowymi w części południowej. Wnętrza pierwotnie zbudowane w stylu barokowym, z czasem przebudowane i zniekształcone.
W fasadzie kościoła cztery płyty nagrobne i epitafijne: Józefa Lutomskiego z 1785 roku, Katarzyny Lutomskiej z 1721 roku, Jana i Zofii Dembińskich z 1802 i jedna nieczytelna.
Wnętrze mały|Kościół św. Krzyża w Szamotułach - ołtarz główny|lewo Jednolite wyposażenie wnętrza kościoła w stylu rokokowym wykonane w 1759 roku przez syncerza Józefa Eglauera. Ołtarz główny z krucyfiksem z 2 połowy XVII wieku oraz rzeźbami Matki Bożej Bolesnej po lewej stronie, św. Jana Chrzciciela po prawej i dwóch zakonników po obu stronach w narożnikach oraz rzeźbami Boga Ojca, Ducha Świętego i aniołów w zwieńczeniu. Na tabernakulum płaskorzeźba przedstawiająca ukrzyżowanie. Ołtarz boczny lewy przy tęczy - na dole obraz z końca XVII wieku - nadania stygmatów św. Franciszkowi, w zwieńczeniu obraz św.