7 grudnia 1916 roku Leo Hillebrand na sześć tygodni został zastąpiony przez kapitana Alfreda SaalwächteraAlfred Saalwächter (1883-1945) dowódca m.in. SM U-25, SM U-94, w czasie II wojny światowej admirał Kriegsmarine. Odznaczony m.in. Orderem Rodu Hohenzollernów. W czasie jednego patrolu załoga U-46 pod dowództwem Saalwächtera zatopiła 9 statków. 16 grudnia trzy statki, dwa duńskie „Chassie Maersk” i „Gerda” oraz jeden japoński parowiec o pojemności BRT. 27 grudnia brytyjski parowiec SS „Aislaby” o pojemności BRT oraz francuski trawler „Goulfar” o pojemności 259 BRT.
16 stycznia 1918 roku Leo Hillebrand powrócił na okręt. Dowodził nim do końca I wojny światowej. 27 stycznia 1918 roku 2 mile od wyspy Rathlin w Irlandii Północnej U-46 storpedował brytyjski statek pasażerski RMS „Andania” o pojemności BRT, który płynął z Liverpoolu do Nowego Jorku. W wyniku ataku torpedowego statek zatonął, zginęło 7 członków załogi.
Po zakończeniu I wojny światowej okręt przedostał się do Japonii, gdzie 26 listopada został poddany.