Od 25 marca 1922 r. był proboszczem w Chojnicach. W czasie sprawowania przez niego urzędu chojnickiego proboszcza znacznie wzrosła frekwencja wiernych oraz przyjmujących komunię. W 1924 r. przeprowadził renowację chojnickiej fary, restaurując między innymi gotyckie sklepienia, a po licznych staraniach przejął z rąk protestantów kościół w Krojantach. Pracował jako prezes Kuratorium Zakładu św. Boromeusza, opieką otaczał parafialne stowarzyszenia młodzieży. Ksiądz Makowski należał do Mieszanej Komisji dla Spraw Sztuki Kościelnej w Pelplinie, a w latach 1920–1930 był członkiem zarządu Towarzystwa Naukowego w Toruniu. W 1928 r. został mianowany kanonikiem honorowym Kapituły Katedralnej w Pelplinie. Publikował liczne artykuły z dziedziny historii sztuki. Jest autorem między innymi publikacji „Sztuka na Pomorzu”, która stanowi pierwszą próbę syntetycznego ujęcia historii sztuki na Pomorzu. Jako proboszcz chojnicki spełniał równocześnie obowiązki duszpasterskie kapelana 1 Batalionu Strzelców. Jego zasługą jest również utworzenie w parafii licznych stowarzyszeń kościelnych oraz Akcji Katolickiej. Jako proboszcz dołożył wiele starań w kierunku utworzenia niezależnej polskiej prowincji sióstr franciszkanek z domem macierzystym w Chojnicach.