Na początku sezonu 1993/1994, pomimo wysokiego zwycięstwa w europejskich pucharach z Sankt Petersburgiem (103:63, 75:69) i awansu do kolejnej rundy, po 5 ligowych kolejkach został zwolniony.
Pełnił funkcję prezesa Okręgowego Związku Koszykówki oraz obserwatora i komisarza zawodów PLK i PLKK. W 1999 z synem Witoldem założył klub WAX Toruń, zajmującego się szkoleniem młodzieży. W klubie trenował m.in. 4 swoich wnuków: Witolda Waczyńskiego (juniora), Adama Waczyńskiego, Michała Marciniaka oraz Karola Marciniaka.
Z wykształcenia był fizykiem, ze specjalnością technologia elektronowa, którą zdobył na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Pracował w Naukowo-Produkcyjnym Centrum Półprzewodników, z którego odszedł w 1988 roku, jako zastępca dyrektora do spraw techniki i produkcji. Zaangażował się bowiem do budowy II Centrum Mikroelektroniki w Toruniu.
W Toruniu od 2004 co roku rozgrywany jest memoriał Jego pamięci.
10 kwietnia 2014 Rada Miasta Toruń nazwała jedną z ulic Podgórza ulicą Szczepana Waczyńskiego.