Fenerbahçe 20 lipca 2009 roku Cristian przeszedł za €5 milionów do Fenerbahçe SK. Zawodnik w jednym z meczów po strzelonym golu pokazał dwa środkowe palce kibicom przeciwnej drużyny. W lipcu 2012 roku zawodnik przedłużył swój kontrakt z klubem, dzięki któremu będzie zarabiać €1,8 miliona za sezon. Pomocnik został pokochany przez fanów stołecznej drużyny. Jeden z jego najlepszych meczów to ten przeciwko Borussii Mönchengladbach, w którym Brazylijczyk strzelił dwa gole i zaliczył asystę. Znany jest też z przepięknych strzałów z dystansu. 28 sierpnia 2014 roku kontrakt zawodnika został rozwiązany za porozumieniem stron.
Powrót do Corinthians 3 stycznia 2015 oficjalnie został potwierdzony powrót Cristiana Baroniego do Corinthians. W 2016 roku odszedł z klubu.
Statystyki Klub Sezon Süper Lig Türkiye Kupası Süper Kupa Europa Razemmeczegolemeczegolemeczegolemeczegolemeczegole Fenerbahçe SK2009/1024 3 4 0 1 0 9 0 38 32010/1128 0 3 0 0 0 4 0 35 02011/1238 8 5 2 0 0 – – 43 102012/1328 4 7 3 1 0 16 3 52 10Razem117 15 19 5 2 0 29 3 168 23Stan na 19 marca 2013