Latem 1991 Gamsachurdia zażądał, by Gwardia złożyła broń; o przyszłych losach żołnierzy zdecydować miało ministerstwo spraw wewnętrznych. Kitowani razem z większością oddziałów wycofał się z Tbilisi do ufortyfikowanego prywatnego domu. W końcu 1991 dzięki swojej znajomości z gen. Pawłem Graczowem pozyskał znaczną ilość broni rosyjskiej, co uczyniło Gwardię Narodową najpoważniejszą formacją zbrojną w Gruzji, ogarniętej wojną domową między zwolennikami i przeciwnikami Zwiada Gamsachurdii.
Brał udział w walkach w Tbilisi i w szturmie na gmach parlamentu, w którym przebywał prezydent Gamsachurdia. Następnie wszedł w skład Rady Wojskowej, która ogłosiła pozbawienie Gamsachurdii urzędu, rozwiązanie parlamentu i zapowiedziała nowe wybory. Razem z nim w Radzie znaleźli się przywódca Mchedrioni Dżaba Joseliani oraz były premier Tengiz Sigua. Rada, rozważając początkowo restytucję monarchii w Gruzji, pragnąc ratować niepodległość postanowiła ostatecznie zaprosić do objęcia władzy Eduarda Szewardnadzego. 10 marca Rada Wojskowa utworzyła Radę Państwa Republiki Gruzji. Przewodniczącym jej prezydium, kolektywnie pełniącego obowiązki prezydenta, został Szewardnadze. Do prezydium weszli także Kitowani, Sigua i Joseliani.