W czasie wojny z bolszewikami walczył w szeregach Wojska Polskiego. W 1922 jako podporucznik rezerwy posiadał przydział do 8 pułku artylerii ciężkiej w Toruniu. 8 stycznia 1924 został zatwierdzony w stopniu podporucznika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 91. lokatą w korpusie oficerów rezerwy artylerii. W tym samym roku został oddany do dyspozycji Kurii Biskupiej.
Po powrocie kontynuował studia i 17 czerwca 1923 otrzymał w Pelplinie święcenia kapłańskie. Skierowany został do parafii Podwyższenia Krzyża Świętego w Tczewie, gdzie pełnił obowiązki wikariusza, a od 1925 r. proboszcza. Ks. Paweł Prabucki angażował się w działalność społeczną, między innymi był członkiem rady pedagogicznej w Szkole Morskiej, gdzie pełnił obowiązki prefekta, a także asystentem kościelnym Towarzystwa Czeladzi Katolickiej. Po dwóch latach, krótko administrował parafią w Lignowach Szlacheckich, a 1 października został kuratusem, a następnie proboszczem utworzonej parafii w Gostkowie.
W 1934 w ewidencji Wojska Polskiego figurował jako kapelan rezerwy ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 211. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiego. 27 czerwca 1938 został odznaczony Medalem Niepodległości „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”..