miejsce zajął miejsce Kickers Offenbach * Drużyny, które wygrały mecze barażowe i awansowały z Regionalligi 2012/13: Holstein Kiel Kilonia 1. miejsce RL Nord wygrał baraże z KSV Hessen Kassel RB Leipzig Lipsk 1. miejsce RL Nordost wygrał baraże z Sportfreunde Lotte SV 07 Elversberg Spiesen-Elversberg 2. miejsce RL Südwest wygrał baraże z TSV 1860 Monachium II * Kickers Offenbach (15. miejsce) nie otrzymał licencji na grę w 3. Lidze i w sezonie 2013/14 będzie występował w Regionallidze Südwest (czwarty poziom rozgrywek), dzięki czemu SV Darmstadt 98 utrzymał się w 3. Lidze.
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.11. FC Heidenheim 38 79 23 10 5 59 252RB Leipzig 38 79 24 7 7 65 343SV Darmstadt 98 38 72 21 9 8 58 294SV Wehen Wiesbaden 38 56 15 11 12 43 445VfL Osnabrück 38 55 15 10 13 50 396Preußen Münster 38 53 13 14 11 55 507MSV Duisburg 38 52 13 13 12 43 438Stuttgarter Kickers 38 51 13 12 13 45 469Hallescher FC 38 51 14 9 15 50 5510Rot-Weiss Erfurt 38 50 14 8 16 53 4911SSV Jahn Regensburg 38 49 12 13 13 51 5112Chemnitzer FC 38 49 12 13 13 43 4613Hansa Rostock 38 49 13 10 15 45 5514Borussia Dortmund II38 46 12 10 16 47 5515VfB Stuttgart II 38 46 12 10 16 45 5416Holstein Kiel 38 45 10 15 13 42 3817SpVgg Unterhaching 38 43 11 10 17 50 6518SV 07 Elversberg 38 40 10 10 18 32 5419SV Wacker Burghausen 38 37 9 10 19 39