W 1526 roku doszło do oziębienia pomiędzy Capito i Bucerem z powodu, jak twierdził Bucer zbyt łagodnej postawy Capito wobec anabaptystów. Capito nie negował chrztu dzieci, ale mógł wyobrazić sobie inne formy chrztu. Tolerancja w odniesieniu do anabaptystów objawiła się poprzez przyjmowaniu różnych stronników radykalnej Reformacji. W jego domu przebywali między innymi Ludwig Hätzer, Andreas Cellarius, Kaspar Schwenkfeld i Miguel Servet. Gdy później męczennik anabaptystów Michael Sattler został pojmany i uwięziony, na próżno Capito starał się o jego uwolnienie.
Polityka kościelna Capito był współtwórcą Confessio Tetrapolitana, uczestniczył w konkordii wittenberskiej, brał udział w dyspucie berneńskiej w 1528 roku i był współtwórcą synodu w Bernie w 1532 roku. Brał udział w rozmowach religijnych w Hagenau w 1540 roku, w dyspucie teologicznej w Wormacji w 1541 roku, w sejmie Rzeszy w Ratyzbonie w 1541 roku. W dyskusjach z anabaptystami był często ustępliwy, ale w 1534 roku wystąpił zdecydowanie przeciw nim.