Istotną zmianą wymuszoną nowymi przepisami był również montaż w modelach po 2009 roku nowego trójdrożnego, 300-komórkowego katalizatora spalin pozwalającego na spełnienie wymogów normy emisji spalin Euro 3. Moc i maksymalny moment obrotowy pozostały bez zmian.
Trzecia generacja, model 2012-2016 Kod fabryczny: EX650E
2012 rok przyniósł kolejne zmiany owocujące między innymi: całkowicie nową ramą i zmniejszonym o 1,5 cm prześwitem (ze 145 mm do 130 mm), regulowaną wysokością owiewki przedniej, nowym podwójnym siedzeniem, nieco większym i wyższym zbiornikiem paliwa, nowym podwójnym reflektorem o 2 światłach pozycyjnych i nowym zestawem wskaźników – powrócił duży, analogowy, czytelny obrotomierz. Pomimo mniejszego niż w poprzednich modelach maksymalnego momentu obrotowego (64 Nm) subiektywnie motocykl przyspiesza nieco lepiej, szczególnie w niższym zakresie obrotów oraz wykazuje się nieco lepszą elastycznością. Jest to efekt kolejnych zmian układu wydechowego oraz ustawień wtrysku paliwa. Na skutek tych zmian nieco ucierpiały osiągi motocykla w maksymalnych wartościach obrotowych, prędkość maksymalna jest również nieco niższa niż w wersjach z lat poprzednich. mały|Kawasaki Ninja 650R z 2006 roku