Do pracy w GIL powrócił na początku 1955, kiedy przywrócono mu licencję pilota i prawo do latania aeroklubie. Zatrudniony został w Dziale Badań w Locie. W tym samym roku był jednym z pięciu pierwszych Polaków, którzy uzyskali licencje pilotów śmigłowcowych. Zainicjował wznowienie lotów na eksperymentalnym śmigłowcu BŻ-1 GIL, a w 1959 oblatał prototyp BŻ-4 Żuk. Jesienią 1956 jako pierwszy Polak pilotował śmigłowce Mi-4 i Jak-24, podczas stażu w OKB Mila w ZSRR, następnie prowadził w Polsce homologacyjne próby wersji licencyjnej Mi-1 – SM-1 i SM-2 dla lotnictwa cywilnego. Na SM-1 ustanowił rekord świata w czasie wznoszenia na 3000 metrów w klasie śmigłowców napędzanych silnikiem tłokowym. W 1957 r. na śmigłowcu SM-1SM-1 znak rej. SP-SAD, numer fabryczny: S101003, śmigłowiec ten obecnie znajduje się w Muzeum Lotnictwa Polskiego w Krakowie. wykonał pierwsze w Polsce górskie lądowanie śmigłowca na górze Żar a sanitarną wersją tego śmigłowca wykonywał pierwsze w kraju loty w górach. Rosjanie zaprosili go ponownie w 1969, kiedy starali się o uzyskanie międzynarodowego świadectwa zdatności dla współosiowego śmigłowca Ka-26. Witkowski był pierwszym obcokrajowcem pilotującym ten śmigłowiec. Później podobną rolę pełnił przy procedurach wprowadzania do polskiego lotnictwa cywilnego śmigłowców Mi-6 i Mi-8.