Egzarchat nie został uznany przez Patriarchat Konstantynopolitański za strukturę kanoniczną, tym bardziej, że w 1872 r. egzarcha Antym zamiast przewidywanej wcześniej autonomii ogłosił autokefalię kierowanej przez siebie administratury. W tym samym roku prawosławne patriarchaty starożytne ogłosiły Egzarchat Bułgarski instytucją heretycką. Inne autokefaliczne Kościoły prawosławne nie potępiły go w analogiczny sposób.
Egzarchat Bułgarski funkcjonował także po odzyskaniu niepodległości przez Bułgarię, przy czym jego siedzibą do 1913 r. pozostawał Konstantynopol. W 1953 r. został przekształcony w Patriarchat Bułgarii, wtedy też Patriarchat Konstantynopolitański uznał legalność jego funkcjonowania.
Powstanie egzarchatu Konflikt grecko-bułgarski Po tureckim podboju Bułgarii autokefalia miejscowego patriarchatu prawosławnego została zlikwidowana, a jego struktury podporządkowano patriarsze Konstantynopola. Praktyką stało się obejmowanie katedr biskupich na ziemiach bułgarskich przez Greków, nieznających miejscowego języka i wrogo odnoszących się do miejscowej tradycji i cerkiewnosłowiańskiego języka liturgicznego. Biskupi greccy forsowali użycie koine w liturgii, w szkołach i urzędach cerkiewnych, jak również niszczyli zabytki piśmiennictwa cerkiewnosłowiańskiego.