19 stycznia 1858 ponownie objął tekę ministerialną, tym razem w powołanym w Guanajuato rządzie Konfederacji Koalicyjnych Stanów (na czele z Benito Juárezem).
W czasie wojny o Reformę liberałowie znaleźli się w niezmiernie trudnej sytuacji finansowej. Z tego powodu w grudniu 1859 roku Ocampo podpisał traktat ze Stanami Zjednoczonymi. Na jego mocy rząd amerykański zyskiwał m.in. prawo do wprowadzania swoich wojsk na terytorium meksykańskie. W zamian zobowiązał się wypłacić liberałom 4 miliony dolarów. Traktat ten ostatecznie nie wszedł w życie, wzbudził jednak ogromne kontrowersje i spowodował dymisję Ocampa. Był też główną przyczyną jego śmierci. Ocampo został bowiem porwany i rozstrzelany z rozkazu konserwatywnego generała Marqueza, który zarzucał mu zdradę kraju (koniec maja 1861). Kilka tygodni później w ten sam sposób zamordowano liberalnych generałów José Degollado i Leandra Martíneza.
Dla upamiętnienia postaci polityka jego rodzinnemu miastu nadano formalną nazwę Maravatío de Ocampo, podobnie samemu stanowi Michoacán de Ocampo. Jego imię nosi także teatr Teatro Ocampo de Morelia w stolicy stanu, Morelii.