Odpowiadał także za skonfiskowaną po rewolucji własność obalonej dynastii, należał do Komitetu Wykonawczego Arabskiej Unii Socjalistycznej i brał udział w tworzeniu przy niej organizacji młodzieżowej. W 1961 był wiceprezydentem Egiptu, zaś od 1965 do 1966 – premierem. Był także przewodniczącym komitetu przyjaźni egipsko-greckiej.
W 1965 otrzymał Order Odrodzenia Polski I klasy.
W 1967, po klęsce Egiptu w wojnie sześciodniowej przeciwko Izraelowi, Gamal Abdel Naser ustąpił z urzędu prezydenckiego i mianował swoim następcą właśnie Zahhariję Muhji ad-Dina. Uważał bowiem, że właśnie on z grona elity rządowej zostanie najlepiej przyjęty na urzędzie przez Stany Zjednoczone, sojusznika Izraela. Ostatecznie Naser wrócił do sprawowania obowiązków prezydenta dzień po odejściu, gdy przez kraju przetoczyły się masowe demonstracje jego zwolenników. W 1967 Muhji ad-Din bezskutecznie nakłaniał Nasera do głębokich zmian w polityce wewnętrznej: rezygnacji z dążenia do socjalizmu, promowaniu jedności narodowej, ograniczeniu znaczenia sektora państwowego na rzecz zwiększenia swobody działalności gospodarczej. Stanowisko takie przedstawił na tajnych naradach Naczelnego Komitetu Wykonawczego Arabskiej Unii Socjalistycznej na przełomie 1967 i 1968.