Rozgrywka Identycznie jak w Half-Life 2 gracz kontroluje poczynaniami Gordona Freemana. Jednak w przeciwieństwie do innych gier z tej serii świat w Codename: Gordon przedstawiony jest przy użyciu grafiki dwuwymiarowej. Typ gry określany jako sidescroller umożliwia graczowi poruszanie się przy pomocy klawiatury oraz celowanie i strzelanie używając myszy.
Uzbrojony w różnorodne bronie, poczynając od łomu, a kończąc na dziale grawitacyjnym, gracz ma do dyspozycji sześć poziomów, na których natrafia na przeciwników takich jak zombie, headcraby i przedstawiciele Kombinatu. Podobnie jak w głównej serii Half-Life pomiędzy sekwencjami z wartką akcją znajdują się różnorodne zagadki logiczne.
Podczas rozgrywki gracz spotyka kluczowe postacie z głównej serii, które komunikują się z Gordonem poprzez dialogi tekstowe, gdyż gra nie posiada podkładu głosowego lektorów.