Świątynia została wyremontowana w latach 1894–1895 z funduszy starosty parafialnego Aleksieja Kuchtierina oraz kupca z Tomska Pawła Szumiłowa. W czasie renowacji do cerkwi wstawiono piece, co umożliwiło odprawianie w niej nabożeństw przez cały rok (dotąd w nieogrzewanym obiekcie Święta Liturgia była odprawiana jedynie wiosną i latem). Do obiektu wstawiono nowy ikonostas i ikony. Od 1896 przy cerkwi działała szkoła parafialna dla dzieci obojga płci. W sąsiedztwie budowli wzniesiono dzwonnicę, na której zawisł dzwon upamiętniający koronację cara Mikołaja II i jego małżonki Aleksandry Fiodorowny. Ważył on blisko 17 ton i był trzecim co do wielkości dzwonem na Syberii, zaś koszt jego odlania wyniósł ponad 18 tys. rubli.
Po rewolucji październikowej, w czasie akcji konfiskaty majątku ruchomego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1922 z cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego zarekwirowana została część cennego wyposażenia – kadzidła, lampki przed ikonami, krzyże, podświeczniki. W 1930 dzwon z 1896 został strącony z cerkiewnej dzwonnicy i rozbity na części, które następnie przetopiono.
W cerkwi, do jej zamknięcia, służył w 1936 ostatni przed wielką czystką biskup tomski – Serafin (Szamszew) Серафим (Шамшев Сергей Павлович).