Po miesiącu od przybycia do Ust'-Łamienki hieromnich Serafin został oskarżony o zabójstwo dziecka. Zmarło ono dwie godziny po udzieleniu mu sakramentu chrztu, wskutek choroby. Skazany na 10 lat pozbawienia wolności, wyszedł z więzienia po kilku miesiącach na skutek kasacji wyroku. Wyjechał do Moskwy, po czym na polecenie Synodu Kościoła udał się do Tarusy i tam do 1936 prowadził parafię. Przed 1936 otrzymał godność archimandryty.
16 marca 1936 przyjął w soborze Objawienia Pańskiego chirotonię biskupią, po czym objął katedrę czycką. W charakterze konsekratorów w obrzędzie wzięli udział metropolita moskiewski i kołomieński Sergiusz, arcybiskup rżewski Aleksander, biskup dmitrowski Jan oraz sierpuchowski Aleksy. Po przyjęciu święceń biskupich Serafin (Szamszew) udał się do Czyty, jednak jako wcześniej karany nie uzyskał wymaganego meldunku i w rezultacie osiedlił się w Tomsku, poza granicami swojej eparchii. Metropolita Sergiusz mianował go wówczas biskupem tomskim. Służył początkowo w cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego, a po jej zamknięciu – w cerkwi Trójcy Świętej w Tomsku.