Przejście do kat. muszej W 2012 roku Dana White ogłosił wprowadzenie nowej kategorii wagowej w UFC jaką była waga musza (do 56 kg). Mając do wyboru nadal walczyć w koguciej (i stoczenie walki z Eddim Winelandem) lub zejść wagę niżej i zasilić nową dywizję, wybrał tę drugą opcję i został włączony do turnieju, który miał wyłonić pierwszego w historii mistrza wagi muszej. Oprócz Johnsona do turnieju zostali dodani Joseph Benavidez, Yasuhiro Urushitani oraz Ian McCall - ten ostatni został rywalem „Mighty Mouse'a” w pierwszym półfinale turnieju.
Turniej mistrzowski Na gali UFC on FX: Alves vs. Kampmann (3 marca 2012) doszło do eliminatora między Johnsonem a McCallem. Johnson w ciągu całego pojedynku był minimalnie gorszym zawodnikiem od McCalla. Sędziowie jednak ostatecznie ogłosili większościowe zwycięstwo Johnsona, które spotkało się z falą krytyki i protestami sztabu McCalla jak i samego zawodnika. Na konferencji prasowej po gali, Dana White poinformował o błędzie sędziego liczącego punkty i zmianie wyniku Johnson vs. McCall przez komisję stanową ze zwycięstwa tego pierwszego na większościowy remis. Od razu został ogłoszony rewanżowy pojedynek który odbył się 8 czerwca. W tym pojedynku przeważał już Johnson klasycznie dominując rywala zapaśniczo, ale również boksersko.