W marcu 1942 przedostał się z powrotem do Lwowa, gdzie w tym czasie została reaktywowana działalność szkoły weterynaryjnej pod niemiecką nazwą Staatliche Tierärztliche Fachkurse (Państwowe Kursy Zawodowe z Weterynarii), dzięki czemu Zbigniew Jara ukończył studia w czasie wojny (jednocześnie pracował jako asystent naukowy). Funkcjonował także w charakterze laboranta na Podziemnym Uniwersytecie Jana Kazimierza. W cel ukończenia kursu tymczasowo był zatrudniony w Miejskiej Rzeźni w Krakowie, po czym uzyskał dyplom lekarza weterynarii i pracował we Lwowie do stycznia 1945. Podczas pobytu w Krakowie, w sierpniu 1944 został aresztowany w ulicznej łapance i przez 24 dni był przetrzymywany jako zakładnik w niemieckim obozie pracy przymusowej Plaszow, gdzie w razie wybuchu miejskiego powstania miał zostać rozstrzelany. Wkrótce, po uzyskaniu dyplomu we Lwowie, w lutym 1945 po raz kolejny przybył do Krakowa i przez trzy miesiące był sekretarzem w Studium Weterynaryjnym przy Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego.