Organizacja Finanse Koszt organizacji Światowych Dni Młodzieży w Krakowie wyniosły 200 612 193 zł. Większość (prawie 143 miliony) zostało pokryte ze składek pielgrzymów, po 10% zostało sfinansowane z budżetu Państwa i wkładu wiernych, 9% kwoty pochodziło z darowizn. Władze Krakowa z tytułu utrzymania czystości, zapewnienia porządku, organizacji parkingów i komunikacji miejskiej poniosło koszt 27,2 mln złotych, z czego realne koszty miasta to około 5 mln złotych. Nie są znane dokładne kwoty, jakie zarobiła m.in. branża gastronomiczna, muzea, czy sprzedawcy pamiątek w związku ze Światowymi Dniami Młodzieży.
Komitet organizacyjny Podczas zebrania biskupów diecezjalnych na Jasnej Górze 26 sierpnia 2013 roku biskupi postanowili, że na czele Ogólnopolskiego Zespołu ds. Wizyty Ojca Świętego w czasie Światowego Dnia Młodzieży w 2016 r. stanie kard. Dziwisz, a krakowskim komitetem organizacyjnym pokieruje jego biskup pomocniczy Damian Muskus. W skład Ogólnopolskiego Zespołu weszli także: były przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski Józef Michalik, były prymas Polski Józef Kowalczyk, metropolita warszawski Kazimierz Nycz,