Historia Centrum kontynuuje działalność zapoczątkowaną przez profesora Kazimierza Michałowskiego, wybitnego archeologa i egiptologa, który w 1959 roku założył Stację Archeologii Śródziemnomorskiej Uniwersytetu Warszawskiego w Kairze, pierwszą polską instytucję zajmującą się archeologią doliny Nilu.
Projekty badawcze Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej UW prowadzi aktualnie około 30 ekspedycji i projektów archeologicznych. Od czasów powstania z ramienia CAŚ UW utworzono łącznie około 80 projektów:
Egipt • Abu Simbel • Aleksandria – Kom el-Dikka • Aszmunein (Hermopolis) • Berenike • Deir el-Bahari: Projekt Asasif • Deir el-Bahari: Świątynia Hatszepsut, ekspedycja archeologiczno-konserwatorska • Deir el-Bahari: Świątynia Hatszepsut, polsko-francuska ekspedycja epigraficzna • Deir el-Bahari: Świątynia Totmesa III • Dendera • Dolina Królów: Grobowiec Ramzesa VI (KV 9), ekspedycja epigraficzna • Dolina Królów: Grobowiec Ramzesa III (KV 11) • Gebelein • Kair: kompleks Emira Qurqumasa • Marea • Marina el-Alamein • Naqlun (Klasztor Archanioła Gabriela) • Oaza Dachla • Peluzjum (Tell el-Farama) • Sakkara • Shejch Abd el-Gurna • Tell Atrib • Tell el-Farcha • Tell el-Murra • Tell el-Retaba • Wadi Khashab
Sudan • Banganarti • El-Detti • El-Zuma • Faras • Ghazali • Kadero • Selib • Soba • Stara Dongola • Tanqasi