W kolejnych wersjach El Greco rezygnuje z koncepcji samotnej śmierci za grzechy ludzkości. W 1580 maluje Chrystus na krzyżu adorowany przez donatorów. Chrystus żyje, wznosi oczy ku niebu i zwraca się do Boga Ojca. Dziesięć lat później artysta skupia się już tylko na Chrystusie i jego męce. Maluje najważniejszą scenę nadając jej apokaliptyczny nastrój zgodnie z opisem Ewangelii Łukasza: Wszystkie kolejne wersje utrzymane są w podobnym nastroju, niektóre są wzbogacone o dodatkowe elementy podkreślające misterium ukrzyżowania. Na wersji z Rijksmuseum za krzyżem u dołu z ciemności, ledwie widoczne, wyłaniają się pojedyncze budynki Toledo. El Greco całą uwagę skupia na samotnym krzyżu na tle nieba.
W 1600 roku artysta maluje przynajmniej dwie wersje Chrystusa na krzyżu. Pierwszy Chrystus na krzyżu powstaje na potrzeby seminarium duchownego w Madrycie. Wersja druga, zupełnie odmienna, jest kolejnym studium wcześniejszych wersji (obecnie znajduje się w Cincinnati Art Museum). Chrystus podobnie jak w wersji z Luwru wisi na krzyżu a jego ciało wije się i pręży. Głowa skierowana jest ku niebu, a z otwartych ust wydobywają się słowa Eli, Eli lamma sabachtani!