W roku 1961 Dynamo Žilina (taką nazwę nosił klub w latach 1956–1963) zdobyła Puchar Słowacji, ale w finale Pucharu Czechosłowacji uległa drużynie Dukla Praga, która zdobyła wtedy również mistrzostwo Czechosłowacji. Dzięki temu to Dynamo Žilina reprezentowała Czechosłowację w Pucharze Zdobywców Pucharów. W debiucie na arenie międzynarodowej pokonała grecki Olympiakos SFP, by w ćwierćfinale odpaść z późniejszym finalistą tych rozgrywek, włoską AC Fiorentiną.
Po rozpadzie Czechosłowacji ŠK Žilina znalazła się w nowo powstałej Superlidze, którą jednak opuściła po dwóch sezonach. W roku 1996 po jednym sezonie spędzonym na zapleczu pierwszej ligi MŠK Žilina (rok wcześniej klub dokonał zmiany nazwy) powróciła na superligowe boiska. W 1997 MŠK Žilina zakwalifikowała się do Pucharu Intertoto, w którym zagrała m.in. z polską Odrą Wodzisław.
W sezonie 2001/2002, pod wodzą Leoša Kalvody, MŠK Žilina zdobyła pierwszy tytuł mistrzowski. Kolejne tytuły mistrzowskie klub zdobywał w latach 2003, 2004, 2007, 2010, 2012 i 2017. Ponadto klub triumfował raz w Pucharze Słowacji oraz czterokrotnie w rozgrywkach o Superpuchar Słowacji.
W sezonie 2010/11 MŠK Żylina po raz pierwszy zakwalifikowała się do Ligi Mistrzów.