Etiologia Najczęstszą przyczyną zatoru płucnego jest skrzeplina, znacznie rzadziej dochodzi do zatorowości płucnej wywołanej innymi masami w świetle tętnic małego krążenia. Przyczyną zatorowości poza skrzeplinami mogą być mikroskopowe bądź makroskopowe masy nowotworowe, zatory septyczne, tłuszczowe, np. przy złamaniach wielu kości długich, czy po zabiegach ortopedycznych, cewniki naczyniowe, np. cewnik Swana-Ganza oraz inne ciała obce, takie jak: rtęć, talk, polimetylometakrylan, powietrze, np. podczas cewnikowania serca.
Podwójne ukrwienie tkanki płucnej powoduje, że zator płucny rzadko kończy się zawałem płuca. Aby do tego doszło, oprócz zatoru, musi również mieć miejsce niewydolność krążenia.
Jeśli materiał zatorowy nie ulegnie szybkiemu rozpuszczeniu pod wpływem endogennych lizyn, przerywa dopływ krwi do dalej położonych naczyń. Zaburzenie krążenia upośledza wytwarzanie substancji czynnej powierzchniowo i doprowadza do niedodmy płuca. Ta część płuca źle opróżnia się z wydzieliny i może być zalążkiem zapalenia płuc. Jeśli zator był dodatkowo zakażony, może być przyczyną ropnia płuc. Najczęstszym źródłem zatorów jest materiał zatorowy pochodzący z żył głębokich kończyn dolnych.