Lek jest metabolizowany w 30%.
Wskazania Metotreksat jest najczęściej stosowany w chorobach nowotworowych: ostrej białaczce limfatycznej, ostrej białaczce szpikowej, nabłoniaku kosmówkowym, raku sutka, raku jajnika, raku płuca, nasieniaku, mięsaku kościopochodnym oraz nowotworach litych głowy i szyi.
W znacznie mniejszych dawkach (zwykle 10 do 25 mg na tydzień w dawce jednorazowej) znajduje zastosowanie jako lek immunosupresyjny w leczeniu ciężkich postaci łuszczycy oraz aktywnych zapalnie postaci chorób reumatoidalnych (między innymi reumatoidalnego zapalenia stawów i zesztywniającego zapalenia stawów kręgosłupa). Jako lek immunosupresyjny jest zaliczany do LMPCh. Hamuje zarówno wytwarzanie przeciwciał swoistych dla danej choroby, jak też przeciwciał indukowanych, na przykład po zastosowaniu niektórych leków biologicznych, zwłaszcza tych blokujących TNF-α.