Należał do grupy artystycznej "Opponenterna" (Przeciwnicy), jej członkami byli również Carl Larsson, Ernst Josephson, Karl Nordström, Nils Kreuger, Richard Bergh. Podczas lekcji u Perséusa asystował przy malowaniu portretów, a sam tworzył martwe natury, po ukończeniu studiów stał się pejzażystą, malował widoki Sztokholmu.
Całe życie mieszkał w południowej dzielnicy Sztokholmu Södermalm, przy biegnącej na wzniesieniu Bastugatan. Z okien domu widział Riddarfjärden, Gamla Stan i całą śródmiejską część miasta. Obrazy tworzone przez Eugène Janssona pomiędzy 1890 a 1904 przedstawiają w dużej części wieczorne widoki z okien domu na Riddarfjärden oraz na ulice dzielnicy Södermalm. Dominującymi barwami były różne odcienie koloru niebieskiego, dzięki czemu Jansson był nazywany "blamalaren" (niebieski malarz). Początkowo były realistyczne, ale z czasem pojawiły się uproszczenia i elementy abstrakcji. Jego kariera w tym okresie bardzo wzrosła, miało to przełożenie również na sytuację finansową.