W okresie międzywojennym problemem ograniczającym dostęp do nauki była konieczność wnoszenia opłat, jednak rada pedagogiczna często zwalniała z nich uboższych uczniów seminarium oraz szkoły ćwiczeń (np. w 1932 na 97 seminarzystów całość opłat uiszczało 43). Zwolnienia z opłat, a tym samym mniejsze wpływy, miały jednak negatywny wpływ na możliwości finansowe szkoły. Problemem dla dzieci spoza miasta były też opłaty internat – wielu uczniów miało problem z ich uiszczaniem. Na dydaktykę negatywnie wpływały zbyt liczne klasy (np. w roku 1935/1936 klasy pierwsze liczyły po 47 uczniów).
II wojna światowa Po wybuchu wojny nauczyciele gimnazjum i liceum zostali ewakuowani na Wileńszczyznę. W 1939 Augustów znalazł się pod okupacją radziecką. Początkowo nowa administracja nie ingerowała w system nauczania, młodzież cofnięto jednak o jedną klasę i wprowadzono nauczanie języka rosyjskiego. Zmiany nastąpiły od 1 stycznia 1940 – miejsce polskich szkół I, II i III stopnia powołano do życia siedmioklasowe szkoły początkowe oraz dziesięcioletnie jako pełne szkoły średnie. Wśród uczniów gimnazjum miały miejsca aresztowania z powodu patriotycznej postawy lub posądzenia o przynależność do organizacji konspiracyjnych. Siedziba szkoły została przeznaczona na budynek gospodarczy. Po agresji Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 mieścił się tam Landrat.