W roku szkolnym 1948/1949 w miejsce dotychczasowych czteroletnich gimnazjów i dwuletnich liceów powstały czteroletnie licea ogólnokształcące, w związku z czym w Augustowie utworzono Szkołę Ogólnokształcącą stopnia licealnego.
We wrześniu 1950 liceum połączono ze szkołami podstawowymi nr 1 i 3 i stworzono Szkołę Podstawową i Liceum Ogólnokształcące w Augustowie w pomieszczeniach szkoły nr 1 przy obecnej ul. Młyńskiej, której dyrektorem został Stefan Roman. W dawnym gmachu liceum przy ul. 29 Listopada znalazło się Liceum Pedagogiczne, przeniesione z Suwałk, a część jego kadry pedagogicznej wywodziła się z augustowskiego liceum. Utworzenie Liceum Pedagogicznego, przejście do niego części nauczycieli i uczniów oraz połączenie liceum ogólnokształcącego ze szkołami podstawowymi spowolniło rozwój liceum do początku lat sześćdziesiątych. W połowie lat sześćdziesiątych nastąpił rozwój liceum – liczba klas zwiększyła się do czternastu, liczba uczniów wzrosła dwukrotnie do około pięciuset, zaś liczba nauczycieli do osiemnastu. W połączeniu ze szkołą podstawową liceum funkcjonowało do 1965, kiedy to oddzielono klasy licealne od podstawowych.