W 2011 roku Ballenas Galeana, po kilku sezonach spędzonych w czwartej lidze, przystąpił do rozgrywek trzeciej ligi meksykańskiej – Segunda División – w których występował przez kolejne dwa lata, wygrywając je w wiosennym sezonie Clausura 2013. Dzięki decydującemu triumfowi nad Murciélagos, zwycięzcą sezonu Apertura 2012, zespół ze stanu Morelos po raz pierwszy w historii awansował na drugi szczebel rozgrywek – Ascenso MX. Ze względu na renowację domowego obiektu Estadio Mariano Matamoros w Xochitepec musiał jednak rozgrywać swoje mecze na Estadio Centenario w Cuernavacy. W drugiej lidze zespół prowadzony przez Enrique Lópeza Zarzę zadebiutował 20 lipca 2013 przegraną 0:1 domową konfrontacją z Cruz Azul Hidalgo. Pierwsze zwycięstwo odniósł natomiast 10 sierpnia tego samego roku, wygrywając 3:2 z Correcaminos UAT. Ogółem w Ascenso MX klub spędził rok bez większych sukcesów – w jesiennym sezonie Apertura 2013 zajął w niej czternaste miejsce, zaś w wiosennych rozgrywkach Clausura 2014 uplasował się na trzynastej pozycji.