Tymczasem na terenie Krakowa rozwieszono plakaty wydrukowane za zgodą Urząd Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk, na których zaplanowano wspólne przemarsze spod akademików i uczelni na mszę świętą w kościele Mariackim.
W dniu 3 maja funkcjonariusze UB zatrzymali na skrzyżowaniu ulicy Szewskiej i Jagiellońskiej grupę studentów Akademii Górniczej, którzy wraz ze sztandarem udawali się na nabożeństwo. Aresztowano przedstawicieli Stowarzyszenia Studentów (organizacji Bratniej Pomocy na AG). Spowodowało to poruszenie wśród studentów. Po mszy odśpiewano Boże coś Polskę ze zmienionym wezwaniem Ojczyznę wolną racz nam wrócić Panie. Po mszy zostało zablokowane przejście studentów ulica Grodzką, a gdy chcieli oni przejść w kierunku budynków UJ przez Rynek ponownie zatrzymano ich przy kamienicy numer 25, w której mieściła się siedziba KW PPR. O rozejście się poprosił rektor UJ Tadeusz Lechr-Spławiński oraz prezes Bratniej Pomocy UJ Jan Deszcz. Wtedy z gmachu zaczęto strzelać. Zostało rannych kilka osób, a według historyków była to prowokacja ze strony UB. Podstawą takiego założenia był fakt nieodnalezienia broni u żadnego ze studentów, jak również brak chęci wyjaśnienia podczas śledztwa, kto strzelał. Funkcjonariusze UB już wtedy prowadzili aresztowania studentów, często wyciągając ich z tłumu. Studenci podzielili się na kilka grup.