Był protestantem, działał w organizacjach wyznaniowych, które współfinansował. Ponadto przekazywał pewna kwotę na działalność polskiego oddziału YMCA. Po wybuchu II wojny światowej przebywał w Warszawie, a w 1940 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie rok później otrzymał obywatelstwo amerykańskie. Przebywając tam prowadził wykłady na tematy religijne i polityczne, podróżował po Stanach Zjednoczonych i Kanadzie. Był zaangażowany w działalność polskiego rządu na uchodźstwie.
Został pochowany na cmentarzu Woodlawn Cemetery w nowojorskiej dzielnicy Bronx.
Życie rodzinne Żoną Edwarda Wernera była Zofia Helena z domu Kalinowska (1889–1946), której wujem był Rafał Kalinowski. Para miała troje dzieci: Zofię Helenę (1910–1939), która poślubiła Antoniego Dunina, zginęli oboje podczas wojny obronnej we wrześniu 1939, Karola Gabriela (1912–1978), porucznika Wojska Polskiego, który po wybuchu II wojny światowej przedostał się do Wielkiej Brytanii i walczył w szeregach 1 Polskiej Dywizji Pancernej, zmarł we Francji, Marię Gabrielę (ur.