W 1798 zamieszkał w Wenecji, skąd powrócił do Rzymu po dwóch latach.

Nowo wybrany papież, Pius VII, 11 sierpnia 1800 kreował Conslviego kardynałem diakonem, nadając mu kościół tytularny S. Agata alla Suburra. Tego samego dnia, Consalvi został nominowany nowym sekretarzem stanu. Jego pierwszą misją była podróż do Paryża, gdzie przybył 20 czerwca 1801 i negocjował konkordat. Po czasochłonnych obradach, osobiście sygnował dokument 15 lipca tego samego roku i dwa tygodnie później powrócił do Rzymu. Konkordat został ratyfikowany 15 sierpnia, przy sprzeciwie większości Kolegium Kardynałów. Od grudnia 1801 do 17 czerwca 1806 pełnił też rolę zastępcy Bibliotekarza Świętego Kościoła Rzymskiego.

21 grudnia 1801 przyjął święcenia diakonatu. Kilka dni później został proprefektem Trybunału Sygnatury Łaski, a od 6 września 1805 do 10 maja 1817 był prefektem tego trybunału. Był także prefektem Świętej Konsulty. Podczas podróży Piusa VII do Francji, na koronację Napoleona, Consalvi uzyskał pełne prerogatywy w Państwie Kościelnym. To za jego namową papież sprzeciwił się cesarzowi Francji i nie przyłączył się do blokady kontynentalnej Anglii, co kosztowało Consalviego stanowisko sekretarza stanu (dymisja 17 czerwca 1806).