Był sympatykiem niemieckich teologów Antona Theinera i Johannesa Rongego oraz jednym z realizatorów idei Katolickiego Kościoła Niemieckiego. Za głoszone z ambony poglądy spotykał się z krytycznym stanowiskiem swoich zwierzchników. Gorszyło również ich jego podejście w kwestii celibatu. W 1844 roku trafił jako wikary do parafii przy kościele św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty w Pile. Tutaj za jawne życie w konkubinacie z daleką krewną, Marianną Gutowską został suspendowany. Porzucił więc służbę w Kościele rzymskokatolickim i wystarał się sądownie o możliwość zawarcia związku małżeńskiego. Do ślubu Jana Czerskiego i Marianny Gutowskiej doszło na początku 1845 roku. Udzielił go pastor Karl Grützmacher, który był proboszczem parafii luterańskiej w Pile.
W 1845 roku Jan Czerski zerwał formalnie z Kościołem katolickim i zorganizował niezależną gminę wyznaniową w Pile. Spotkała go za to kara ekskomuniki. Był uczestnikiem separatystycznego synodu w Lipsku, na którym doszło do ukonstytuowania Niemieckiego Kościoła Apostolsko-Katolickiego zwanego Kościołem niemiecko-katolickim. Był jednym z liderów tej wspólnoty. Opracował ordynację kościelną tego wyznania.