Podziemne źródło w Nazarecie było tradycyjnie od wieków wykorzystywane przez mieszkańców jako jedno z głównych źródeł wody w mieście. Nie zawsze było ono nazywane „źródłem Marii”. Różokrzyżowcy podali w 1935 roku, że źródło to w erze przed-chrześcijańskiej było znane jako „źródło wartowni” – być może dlatego, że w sąsiednich domach mieścił się szereg wartowni strzegących dostępu do źródła wody i bezpieczeństwa sąsiedniego traktu handlowego. Historyk Werner Keller napisał w swojej książce „Biblia jako historia”, że źródło Marii od „niepamiętnych czasów” zaopatrywało mieszkańców miasta w wodę.
Ze względu na religijne znaczenie jakie źródło miało dla chrześcijan, wybudowali oni w tym miejscu swój pierwszy kościół. Zablokował on dostęp do wody źródlanej i dlatego wybudowano wówczas ciąg podziemnych tuneli, którymi rozprowadzano wodę. W latach 1997–1998 Jardenna Alexandre i Hanna Butrus prowadziły wykopaliska archeologiczne, które ujawniły sieć podziemnych korytarzy. Pochodziły one z okresu bizantyjskiego (nie znaleziono dowodów świadczących, by mogły one powstać przed V wiekiem w okresie rzymskim)Alexandre, Yardenna. 2012. Mary’s Well, Nazareth. The Late Hellenistic to the Ottoman Periods. Jerusalem, IAA Reports 49.. W latach 90.