Stosunek młodszego Olimpiodora do alchemika z Aleksandrii o tym samym imieniu pozostaje przedmiotem sporu.
Życie O życiu Olimpiodora wiadomo bardzo niewiele. Był uczniem Amoniusza, syna Hermiasza, którego nazywa w swoich pismach „wielkim filozofem”. Ponieważ przyjmuje się, że Amoniusz zmarł pomiędzy 517 a 526 rokiem, Olimpiodor, aby móc go słuchać, musiał się urodzić najpóźniej około 500 roku. Po latach w swoim komentarzu wspomina o wykładach Amoniusza na temat platońskiego Gorgiasza, których słuchał około 515 roku. Wiadomo, że zajmował katedrę filozofii w Aleksandrii, rękopisy nazywają go „filozofem z Aleksandrii”. Ponieważ będący również uczniem Amoniusza Jan Filopon rozpoczął karierę nauczyciela około połowy lat 30. VI wieku, przy czym nie objął katedry filozofii, lecz retoryki, wydaje się prawdopodobne, że od tego mniej więcej czasu Olimpiodor został oficjalnym następcą Amoniusza. W komentarzu do Meteorologiki Arystotelesa Olimpiodor przypomina uczniom o komecie, która pojawiła się przed kilku laty na przełomie marca i kwietnia 565 roku. Informacja ta jest podstawą datowania śmierci filozofa na ok. 570 rok.