W 1946 wszczęto prokuratorskie postępowanie przeciw Supruniukowi oskarżonemu o bicie zatrzymanych w celu wymuszania zeznań, jednak w styczniu 1947 je umorzono.
W 2000 roku do prokuratury został skierowany wniosek o ściganie Supruniuka za zbrodnie na narodzie polskim, do którego obserwacji prezydent Aleksander Kwaśniewski przydzielił Ryszarda Kalisza. W odrębnych procesach wytoczonych w Krośnie i Gdyni przez osoby przez niego poszkodowane postawiono Supruniukowi łącznie 80 zarzutów. Świadkami w procesie Supruniuka byli partyzanci m.in. Skarbimir Socha (były żołnierz AK, który próbował wykonać wyrok na Supruniuku w 1945 roku, oskarżyciel posiłkowy) oraz Stefan Sęk, dawna ofiara przesłuchań Supruniuka, który z tego powodu został inwalidą. W 2002 roku Skarbimir Socha złożył do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka skargę w sprawie „ochraniania przez państwo polskie komunistycznych zbrodniarzy” przez celowe przewlekanie procesów i utrudnianie postępowaniaInteraktywna Polska..