Uchwała powoływała dwie struktury sądowe: wojskowe Sądy Kapturowe będące sądami karnymi tworzonymi na terenie obu okupacji (niemieckiej i radzieckiej) przy komendantach ZWZ. Istniała również struktura terenowa: tworzone przy komendantach obszarów i okręgów sądziły za przestępstwa popełniane przez członków ZWZ. Powołano również Sądy Kapturowe przy Komendzie Głównej (KG) ZWZ w Paryżu oraz przy bazach łącznikowych; Sądy Kapturowe przy Delegacie Głównym Rządu RP na Kraj i delegaturach okręgowych, zajmujące się przestępstwami popełnionymi przez Polaków-cywilów i przez przedstawicieli aparatu okupacyjnego.
Działalność sądów wojskowych, zwanych od początku Sądami Specjalnymi, opierała się na opracowanym w maju 1940 roku, wydanym przez Komendanta Głównego ZWZ Kazimierza Sosnkowskiego i zatwierdzonym przez gen. Sikorskiego Kodeksie Sądów Kapturowych oraz „Przepisach Materialnych”. Przepisy były uzupełnieniem przedwojennych kodeksów, karnego i karnego wojskowego i definiowały m.in., jakie zbrodnie podlegają karze śmierci: zdrada, szpiegostwo, prowokacja, denuncjacja, nieludzkie prześladowanie i krzywdzenie ludności polskiej. Kodeks Sądów Kapturowych i Przepisy zostały wydane przez Komendanta Głównego ZWZ i zatwierdzone przez Naczelnego Wodza.