Szef służby sprawiedliwości i zarazem przewodniczący WSS przy KG SZP-ZWZ-AK podlegał Komendantowi Głównemu przez szefa Oddziału I Organizacyjnego. Oddział I zapewniał obsługę administracyjną (budżet, lokale, łączność konspiracyjna, itd.).
W strukturze Armii Krajowej 26 listopada 1941 roku Komenda Główna ZWZ zakończyła opracowywanie Statutu Wojskowych Sądów Specjalnych (WSS). Po zatwierdzeniu przez Sztab Naczelnego Wodza, przepisy nowego statutu weszły w życie 1 stycznia 1942 roku. Statut zawierał 13 artykułów. Pierwszy artykuł określał kompetencje WSS: „Do ścigania przestępstw, przewidzianych w obowiązujących przepisach karnych, popełnianych lub usiłowanych przez osoby wojskowe po dn. 4.12.39 r., powołuje się Wojskowe Sądy Specjalne przy Dowódcy Armii Krajowej i przy Komendantach Okręgów. Właściwości powyższych sądów podlegają ponadto wszystkie sprawy o przestępstwa godzące (bezpośrednio) w bezpieczeństwo Armii Krajowej." Sądom podlegali więc członkowie AK i wojskowi zawodowi przed wrześniem 1939 r. oraz osoby cywilne działające na szkodę AK.Do przestępstw tych należały: zdrada, denuncjacja, szpiegostwo i zbrodnie wynikające z nieprzestrzegania umów międzynarodowych dotyczących prowadzenia wojny lub okupowania państwa.