W 1940 została łączniczką płk. Stanisława Tatara „Erazma” (szef Oddziału Operacyjnego KG ZWZ). Przeszła w listopadzie 1941 do „grupy ideowej” Głównego Biura Komendy Konfederacji Narodu (KN), a od maja 1942 działała w kierownictwie służby kobiet KN. Mianowana we wrześniu 1942 kierowniczką KN. Ukończyła w tym czasie podchorążówkę KN i kurs sanitarny. Jako łączniczka-sanitariuszka przydzielona została w końcu maja 1943 do działającego w północnej części województwa warszawskiego i w Puszczy Augustowskiej VIII Uderzeniowego Batalionu Kadrowego (UBK) KN (batalionem dowodził kpt. Julian Jagodziński „Stefan Pawłowski”). 31 maja wyjechała z Warszawy razem z Zofią Kobylańską do oddziału, który działał nad Bugiem. Podczas przejazdu zostały uprzedzone przez konduktora o „łapance”, wówczas wyskoczyły z pociągu. Dotarły do IV UBK i przeprawiły się na prawy brzeg rzeki. „Małgorzata” po dotarciu w Białostockie, razem z innymi łączniczkami w okresie czerwca i lipca 1943 pośredniczyła w utrzymywaniu kontaktów pomiędzy poszczególnymi grupami leśnymi UBK, które prowadziły akcje zbrojne przeciwko Niemcom. 13 lipca 1943 wyprawiła się z oddziałem „Pawłowskiego”, który liczył 22 żołnierzy do Prus Wschodnich. Wyruszyli znad Biebrzy w rejonie Tykocina przez Grzędy i lasy rajgrodzkie.