Mięso, tłuszcz, futro i kości płetwonogich były tradycyjnie używane przez rdzennych mieszkańców Arktyki. Płetwonogie przedstawiano w różnych kulturach świata. Często trzyma się je w niewoli, a czasami tresuje, by wykonywały różne sztuczki. Były obiektem zawziętych polowań dla przemysłowego wykorzystania pochodzących z nich produktów, zostały objęte ochroną przez prawo międzynarodowe. Uchatka japońska i mniszka antylska zostały wytępione w ubiegłym wieku. Mniszka śródziemnomorska i mniszka hawajska są krytycznie zagrożone wyginięciem zgodnie z klasyfikacją IUCN. Prócz polowań, płetwonogim zagrażają przypadkowe wpadanie w sieci rybackie, zatrucie mórz oraz presja ze strony turystów i lokalnej ludności.
Systematyka Kladogram ukazujący pozycję płetwonogich wśród drapieżnych i innych ssaków na podstawie badań sekwencji aminokwasowych białek mitochondrialnych, uproszczono:
Fragment kladogramu przedstawiającego pokrewieństwa pomiędzy gatunkami drapieżnych wedle Agnarssona i współpracowników z 2010:
Kladogram ukazujący pokrewieństwa pomiędzy płetwonogimi na podstawie kilku analiz filogenetycznych