U schyłku 2009 roku nowym armatorem jachtu Bonawentura zostało Pomorsko-Mazurskie Biuro Żeglarskie "Błękitny Piotruś". Aby żaglowiec wrócił do pracy na morzu potrzebny był gruntowny remont i przebudowa, toteż prace rozpoczęto wiosną następnego roku. Szybko okazało się, że zakres prac należy rozszerzyć gdyż ząb czasu wgryzł się w drewnianą konstrukcję głębiej niż wskazywały na to wstępne oględziny. Ostatecznie w trakcie remontu i przebudowy wymieniono dwadzieścia pięć procent poszycia burt, stewę rufową i nadburcia. Zmieniony został układ luków i zejściówek na pokładzie, który na nowo ułożono z klepek tekowych. Wyremontowano urządzenie sterowe oraz wymieniono linię wału napędowego i łożyska. Położono nową instalacje elektryczną i wodną. Odnowione zostało drewniane omasztowanie - maszty, bomy i szprajsgafel. Wszystkie elementy drewniane zabezpieczono kilkoma warstwami lakierów i olei impregnujących. Poza tym jacht został wyposażony w nowoczesne urządzenia nawigacyjne i sprzęty podnoszące komfort żeglugi, nie zatracono przy tym pierwotnego charakteru drewnianego żaglowca. Każdy etap remontu odbywał się pod nadzorem Polskiego Rejestru Statków.