Jako poseł do Konwentu Narodowego Saliceti związał się z tzw. Górą, czyli obozem politycznym zdominowanym przez jakobinów. W dniu 15 stycznia 1793 głosował za karą śmierci dla króla Ludwika XVI (nazywanego wówczas oficjalnie "obywatelem Kapetem"). Z ramienia Konwentu udał się na ojczystą Korsykę, gdzie śledził poczynania korsykańskiego działacza politycznego Pasquale'a Paoliego, a poza tym wprowadzał tam w życie pryncypia tzw. terroru jakobińskiego. Wkrótce jednak odwołano go stamtąd do Prowansji, gdzie uczestniczył w tłumieniu buntów w Marsylii oraz w Tulonie. W tym okresie działalności poznał swojego rodaka z Korsyki, Napoleona Bonaparte. Saliceti wspierał przyszłego cesarza Francuzów w rozwoju jego kariery.

W okresie Dyrektoriatu, Konsulatu oraz Cesarstwa Ze względu na bliskie relacje z Maximilienem de Robespierre’m, Saliceti został po przewrocie termidoriańskim postawiony przed trybunałem. Od gilotyny ocaliła go amnestia udzielona przez Dyrektoriat – nowy organ władzy wykonawczej we Francji, utworzony po obaleniu rządów jakobinów. W roku 1796 Salicetiemu powierzono misję utworzenia francuskiej armii republikańskiej na Półwyspie Apenińskim, a także w obydwu departamentach korsykańskich.