Słabsze starty w kwalifikacjach i kontuzja nadgarstka w późniejszej części sezonu przepełniły czarę goryczy, jednak zbliżając się do końca mistrzostw większość problemów z M1 wyeliminowano, a Rossiemu udało się zniwelować dużą stratę punktową do Amerykanina Nickiego Haydena. Cała praca poszła na marne, kiedy w ostatnim wyścigu sezonu Włoch przewrócił się i stracił swoją przewagę nad Haydenem, który zdobył tytuł mistrza wyprzedzając Rossiego o 5 punktów. W modelu z 2006 wprowadzono po raz pierwszy system fly by wire - pozwalał on na lepszą kontrolę momentu obrotowego, hamowania silnikiem oraz opanowanie tzw. wheelie (kiedy motocykl wstaje na tyle koło przy gwałtownym odkręceniu manetki gazu).

2007 thumb|right|100px| YZR-M1 ze specjalnym malowaniem podczas TT Assen 2007 Na następny rok przewidziano zmianę pojemności silników z 1000 cm3 do 800 cm3. Zrobiono tak, ponieważ prędkości osiągane przez maszyny jednolitrowe były za duże. Już podczas przedsezonowych testów nowy model M1 okazał się szybszy od swojego poprzednika.