W powtórnym postępowaniu biskup wiacki Aleksander, który zaczął już wtedy występować przeciwko Nikonowi, uznał Stefana za winnego, a sobór biskupów w 1660 pozbawił go urzędu. Decyzję tę zmienił car Aleksy, który cofnął karę wymierzoną hierarsze i pozwolił mu kontynuować działalność duszpasterską w soborze św. Archaniołów w Moskwie, zaś Nikitę Dobrynina nakazał postawić przed sądem w Suzdalu i suspendować.
Nikita Dobrynin ostro krytykował reformę patriarchy Nikona i potępiał wydawane przez niego poprawione księgi liturgiczne. Z tego powodu w grudniu 1665 został aresztowany w Suzdalu. W jego domu odkryto niedokończony tekst pisma do cara potępiającego reformę, jednego z najważniejszych i najobszerniejszych tekstów polemicznych staroobrzędowców. W maju 1666 ogłoszono pozbawienie go święceń kapłańskich i odłączenie od Cerkwi (równocześnie obłożeni klątwą zostali inni przywódcy staroobrzędowi - protopop Awwakum Pietrow oraz diakon Fiodor. Wszyscy trzej zostali uwięzieni w monasterze św. Mikołaja na Ugrieszy. Wśród staroobrzędowców suzdalski duchowny otrzymał przezwisko Pustoswiat.