Po niełatwym okresie okupacji hitlerowskiej przyszły równie trudne dla Kościoła czasy PRL-u i rządów komunistycznych. W tym właśnie okresie ks. Skoczyński rozpoczął budowę nowej świątyni pw. Matki Bożej Królowej Polski, którą nie dokończył. W 1961 r. władze cofnęły pozwolenie na kontynuowanie budowy. Potem przyszła choroba, która nie pozwoliła kapłanowi doczekać wznowienia prac po 10-letniej przerwie i poświęcenia świątyni, której dokonał 2 grudnia 1973 r. metropolita krakowski Karol kard. Wojtyła.
Działalność społeczna Podczas II wojny światowej ks. Józef Skoczyński uratował życie wielu mieszkańcom Stalowej Woli interweniując skutecznie w ich obronie. Był kapelanem Armii Krajowej obwodu niżańskiego. Wraz z kilkoma działaczami konspiracyjnymi zorganizował komitet obywatelski, który obronił Zakłady Południowe i Elektrownie przed zniszczeniem, przez Niemców. Po wyzwoleniu miasta czuwał nad utrzymaniem porządku publicznego w czasie tworzenia nowej władzyW. Gaj-Piotrowski, D. Garbacz, K. Jańczyk, Kościół św. Floriana w Stalowej Woli. Miniskansen architektury drewnianej, Stalowa Wola 2007, s. 67. Od września 1945 do 13 marca 1948 pełnił funkcję przewodniczącego Rady Narodowej w Stalowej Woli.