Jedna z nich (wraz z młodszym bratem) została poddana przez ojca inokulacji, dzięki czemu można uznać Breyna za pioniera szczepień ochronnych w Prusach Królewskich (Breyne przeprowadził ww. zabieg kilkadziesiąt lat wcześniej niż Natanielem Wolfem). Od roku 1703 był członkiem Towarzystwa Królewskiego w Londynie. Powiększył zbiory przyrodnicze, które gromadzić zaczął jego ojciec. W 1765 roku sam księgozbiór liczył 4,9 tysiąca tomów; niektóre z nich znalazły się w późniejszym czasie w zbiorach Towarzystwa Przyrodniczego w Gdańsku. Kolekcja obejmowała poza tym zielniki, skamieniałości, minerały, muszle, szczątki zwierząt, a także numizmaty. Jednymi z ciekawszych eksponatów były gniazda litewskich remizów oraz „ziołozwierz”, tzw. „owca scytyjska” – uformowany na podobieństwo owcy fragment pędu paprotnika.
Życiorys Johanna Breynego (pt. Vita Joannis Philippi Breynii adcommodatae) zawarł gdański botanik Gottfried Reyger w publikacji poświęconej florze gdańskiej Tentamen florae gedanensis methodo sexuali adcommo (1766). Część jego korespondencji naukowej licząca 1,5 tysiąca listów przechowywana jest w Landesbibliothek Gotha w Niemczech. Wśród korespondentów gdańszczanina znalazł się m.in. Karol Linneusz.