Nie zrywając z Braćmi Muzułmanami, przystąpił do niejednorodnej ideologicznie, zgodnej jedynie co do potrzeby obalenia monarchii organizacji Wolnych Oficerów, kierowanej przez NaseraStępniewska-Holzer B., Holzer J.: Egipt. Stulecie przemian. Warszawa: Wydawnictwo Akademickie DIALOG, 2006, s. 104-106. .. Po rewolucji Wolnych Oficerów w 1952 wszedł do Rady Rewolucyjnych Dowódców. Nadal utrzymywał kontakty z Braćmi Muzułmanami, a ich ideologowi, Sajjidowi Kutbowi, proponował nawet objęcie stanowiska ministra oświatyA. Goldschmidt, Biographical Dictionary of Modern Egypt, Lynne Rieger Publishers 2000, , s.161..
W 1954, po usunięciu z urzędu prezydenckiego Muhammada Nadżiba i objęciu prezydentury przez Nasera, został ministrem spraw społecznych. Dwa lata później odszedł z tego stanowiska i został sekretarzem ds. oświaty. Wprowadził do szkół nowy, silnie nacechowany ideologicznie program nauczania historii, w którym ograniczono do minimum wiedzę o Egipcie starożytnym i dziejach ziem egipskich do XIX w., działalność Muhammada Alego określono jako "wyzysk ludu", silnie krytykowano także egipski parlamentaryzm, gloryfikując natomiast przewrót Wolnych Oficerów.