Modernizacje mały|EP09-010 przed (u góry) i po modernizacji (na dole) mały|EP09-038 na stacji Petrovice u Karviné (Czechy 1998/1999) Podczas produkcji kolejnych lokomotyw tej serii wprowadzano wiele zmian konstrukcyjnych, co powoduje, że praktycznie każda EP09 różni się czymś od pozostałych. Pafawag i ZNLE Gliwice wykonywały drobne modernizacje przy okazji większych napraw czy przeglądów.
W 1995, podczas naprawy EP09-001 po wykolejeniu w październiku 1993 w Cieninie, postanowiono zastosować prostsze i zarazem mniej awaryjne oparcie pudła na wózkach. Połączenie typu Flexicoil wprowadzono (poza remontowanym 001) od egzemplarza nr 038.
W tym samym roku odkryto poważną wadę konstrukcyjną – pęknięcia ograniczników wzdłużnego przesuwu wózków. Producent był zmuszony ściągnąć wszystkie lokomotywy serii na obowiązkową wymianę wadliwych elementów, co na krótki okres unieruchomiło wszystkie EP09. Ich zadania przejęły wolniejsze elektrowozy serii EU06, EU07 i EP08.