Wyspy Uszkanji (nazwane: Bolszoj, Tonkij, Krugłyj i Dołgij) są wierzchołkami Gór Akademickich, które dzielą bajkalską depresję na dwie niecki: północną i południową.
Hydrografia Południowa granica lądowa parku narodowego przebiega wzdłuż zlewni dorzecza rzeki Barguzin, która płynie poza granicami parku. Na terytorium parku płynie wiele małych rzek. Wszystkie one są zamkniętymi zbiornikami które niosą swoje wody do jeziora Bajkał. Najważniejsze z nich to: Bolszaja Czeriemszana, Małaja Czeriemszana i Bolszoj Cziwyrkuj. Największe jeziora to Arangatuj i Małyj Arangatuj – znajdują się na przesmyku Cziwyrkujskim połączonym z Zatoką Cziwyrkujską. Kolejnym co do wielkości jest jezioro Barmaszowoje, znane ze swoich wód mineralnych. Ponadto istnieją ponad dwa tuziny krasowych jezior. Na terenie parku narodowego znajdują się ujścia wód termalnych: źródła Zmieinyj, Naczajewskij i Kulinoje. Te pierwsze, leżące na brzegu zatoki Zmieinej, osiągają rekordowe temperatury sięgające +27 °C. W granicach parku narodowego znajdują się 37 hektary powierzchni wody jeziora Bajkał: 27,0 ha w Zatoce Cziwyrkujskiej i 10,0 ha w Zatoce Barguzińskiej.