Wyspy Uszkanji dodatkowo zamieszkane są przez endemiczny gatunek – fokę bajkalską (Pusa sibirica), której populacja na tym obszarze szacowana jest na 2000 osobników.
Wśród 241 gatunków ptaków, 30 znajduje się w Czerwonej Księdze Buriacji. Są to m.in. szlamiec wielki (Limnodromus semipalmatus), brodziec szary (Tringa brevipes), bielik wschodni (Haliaeetus leucoryphus) i kulik syberyjski (Numenius madagascariensis). Park zaliczany jest do jednego z trzech najważniejszych miejsc gniazdowania i siedlisk nadbajkalskich ptaków wodnych. Są to przede wszystkim: perkoz rogaty (Podiceps auritus), bąk zwyczajny (Botaurus stellaris), gęgawa (Anser anser), kazarka rdzawa (Tadorna ferruginea), czuprynka (Mareca falcata, Anas falcata), kaczka pstrodzioba (Anas poecilorhyncha), trzmielojad czubaty (Pernis ptilorhynchus), kania czarna (Milvus migrans), rybołów zwyczajny (Pandion haliaetus) i bielik zwyczajny (Haliaeetus albicilla). Wśród ptaków żyjących w lasach wyróżnić zaś można następujące: głuszec zwyczajny (Tetrao urogallus), cietrzew zwyczajny (Lyrurus tetrix), jarząbek zwyczajny (Tetrastes bonasia), orzechówka zwyczajna (Nucifraga caryocatactes), muchołówka śniada (Muscicapa sibirica), krzyżodziób modrzewiowy (Loxia leucoptera) i dzięcioł czarny (Dryocopus martius).